Семената на кафето по време на промишлена преработка могат също да се използват за производството на кафе без кофеин. Този процес, наречен безкофеинизация, се извършва, когато семената са все още зелени, а не в резултат на печене. Могат да се прилагат много методи за отстраняване на кофеина от кафето, но всички те включват потапяне на зелени семена в гореща вода (процес, наречен швейцарски воден процес) или пара; в този момент се добавят разтворители, които се разтварят и отделят маслата, съдържащи кофеин, от семената. Безкофеинизацията често се прилага от предприятия за преработка на кафе, които като източник на допълнителен доход продават кофеин на фармацевтичната промишленост.
