Патогенезата изследва развитието на заболяването и веригата от събития, свързани с нея, които стъпка по стъпка определят морфо-функционалните промени на клетките и тъканите, принадлежащи на засегнатите органи. Тези промени могат да бъдат причинени от химически, физически или биологични агенти (вируси, бактерии и др.).
Докато етиологията определя причините, патогенезата изследва последиците от нея.
Затова при четенето на медицински текстове можем да се сблъскаме с такива: микробна патогенеза, възпалителна патогенеза, вирусна патогенеза, злокачествена патогенеза (тенденция на заболяване, обикновено тумор, постепенно да се влошава, докато стане потенциално смъртоносно). Много болести признават различни причинни фактори (многофакторна етиология), а още по-многобройни са онези, които се характеризират с различни еволюционни механизми (множествена патогенеза).
