Точният произход на вируса Марбург все още не е известен. Понастоящем се смята, че болестта, за която е отговорна, може да бъде зооноза, поддържана от едно или повече животни, родени в африканския континент. Извършените до момента изследвания обаче не позволяват да се идентифицира естественият резервоар на болестта, въпреки че са анализирани много гръбначни и членестоноги.
Според Световната здравна организация, хората не са част от естествения цикъл на вируса, така че инфекцията основно се дължи на случаен контакт с друг заразени примати. Всъщност предаването е документирано чрез някои видове маймуни, които вероятно действат като "усилващи гости" за вируса Марбург. Освен това, някои доказателства сочат, че приматите на свой ред могат да бъдат заразени с експозиция на прилепи .
