В официалната фармакопея се отчитат общи, химически и биологични методи за оценка. Но фармакогнозията използва и много по-сложни методи, като спектроскопия и хроматография.
Оценката на качеството на лекарствата от химическа гледна точка осигурява значително задълбочаване, характерно за аналитичния капацитет на използваните инструменти; с други думи, лекарството се оценява въз основа на количеството и качеството на съдържащите се в него активни вещества, които са определящи по аналитично прецизен начин, благодарение на изключително точните хроматографски инструменти. Сред тези хроматографски техники откриваме: газова хроматография, газ маса, HPLC (колонна течна хроматография), йонообменна хроматография и плочка хроматография (TLC, HPTLC). Всички те са методологии, които използват хроматографския принцип при количествената оценка на химичните вещества, присъстващи във фитокомплекс. Следователно, тези инструменти ни позволяват да оценим лекарството като фитокомплекс, количеството и качеството на отделните химични класове, тяхното съотношение и количеството на характеризиращата активна съставка.
За да се оцени фитокомплексът е важно да се възприемат най-подходящите стратегии за нейното извличане, тъй като няма аналитичен метод, който да не е предшестван от екстракция. Екстракциите са необходими на фармацевта-фармацевт за оценка на лекарството или, евентуално, за получаване на елементи от употребата на това лекарство, които могат да бъдат директно въведени в третичния сектор. Екстрактивните методи позволяват да се получат онези категории активни принципи, които се считат за важни в качествената класификация на лекарството, или селективно извличане на една или повече категории, които се считат за израз на неговата активност.
Активните съставки обикновено са молекули гликозиди, алкалоиди, терпени, антрахинони; всички вторични метаболити, които са израз на релационната биология на организма; има, обаче, също молекули, произтичащи от първичен метаболизъм от здравен интерес, като въглехидрати (нишесте и негови производни, целулоза и негови производни), протеини и по-специално протеолитични ензими (папаин или бромелаин).
Преди да се пристъпи към извличане на активни съставки от лекарството, е необходимо да се разгледа химико-физичната характеристика на последното; с други думи, преди извличането на активна съставка, трябва да се знае добре неговата химична природа по отношение на полярността, тъй като екстрактивният процес е по същество редуциран до свързването на подходящ разтворител с лекарството. Този разтворител, който е химически подобен на принципа, който трябва да бъде извлечен, селективно го изтегля от останалия фитокомплекс; колкото повече се засилва този химически афинитет, така и екстракцията ще се осъществи ("подобно се разтваря подобното"). Ето защо е от съществено значение от фитохимична гледна точка да се знае принципа, който трябва да се извлече, за да се свърже разтворителя или сместа от разтворители, с които той е по-сходен.
