Макар че днес може да изглежда очевидно за нас, очевидно е, че в продължение на хилядолетия човекът е пренебрегвал, че причиняването на определени болести са микроскопични организми.
До 1600 г. така наречената теория за спонтанното поколение, според която някои организми могат спонтанно да се генерират от неживата материя, се счита за валидна. Класическият пример е този на ларвите, считан за способен да генерира от нищо в парче разлагаща се плът.
Първата, която опроверга тази теория, беше Франческо Реди, личен лекар на великия херцог на Тоскана. Реди постави две парчета прясно месо в два отделни контейнера, оставяйки първия отворен и предпазвайки го от мухи с ретина. След няколко дни забеляза, че само отвореният кораб пълзи с ларви. Следователно Redi показва, че ларвите не се генерират от нищо, а произлизат от яйцата, поставени от мухи.
Съществуването на микроорганизми започва да се говори едва в осемнадесети век, благодарение на изследванията на Модена Лазаро Спаланцани, който първоначално въвежда и въвежда в медицинската литература термина "зародиш". Въпреки това, откритието на бактериите се приписва на Antony Leeuwenhoek (1632-1723), търговец на тъкани, който обича микроскопи.
Леуенхук забеляза, че след като си миеше зъбите, в отлаганията на зъбен камък имаше „живи животни“. Това откритие стана възможно благодарение на оптимизацията на оптичния микроскоп, който самият Левенбук бе построил и който впоследствие Hooke допълнително подобри.
Появата на съвременния микроскоп обаче отвори нови въпроси за теорията на спонтанното поколение. От първите наблюдения, всъщност, изглежда, че простото излагане на въздух на органично вещество за кратко време доведе до развитието на микроби на повърхността му.
За да опровергаят напълно хипотезата за спонтанно генериране на микроби, се намеси френският биолог Луи Пастьор. Пастьорът свари бульон в стъклена колба с дълго гърло, снабдена със специален S-образен клюн, за да се предотврати проникването на прах (и присъстващите в него бактерии). Пастьор отбелязва, че благодарение на тези мерки бактериите не растат в бульона и че затова микробите не се генерират спонтанно.
