Понастоящем няма ваксина или профилактика срещу африкански трипаносомоза . Следователно превантивните мерки са насочени към свеждане до минимум на контакта с мухите цеце.
Първо, заразените зони трябва да се избягват. Мухата на цецето е по-малко активна по време на най-горещите часове на деня, но може да атакува, ако се дразни. Трябва да се помни, че това насекомо е привлечено от движещи се обекти и ярки или тъмни цветове; също може да ужилвам с леки дрехи. Затова е препоръчително да се носят ризи и панталони, които покриват крайниците колкото е възможно повече; по-специално е за предпочитане да се носи устойчив материал и неутрални цветове, които се смесват в околната среда. Също така е полезно да се прилагат репеленти върху дрехите. Рояците от мухи цеце могат да проследяват движещите се превозни средства, така че е най-добре да затворите прозорците на колата, за да не им попречат да нахлуят в купето.
Борбата с векторното насекомо може да се осъществи на екологично ниво с унищожаването на местообитанията за размножаване, използването на инсектициди и капани (по-добре, ако са импрегнирани с перметрин) в местата за подслон за мухи цеце (храсти на саваната) и растителност по протежението на водните течения) и лечението на паразитизираните лица (източник на инфекция за носителите).
