В допълнение към индивидуалните мерки за защита и контрола на околната среда на носителя, японският енцефалит може да бъде предотвратен чрез ваксинация.
Ваксината Ixiaro, вече одобрена от FDA (Администрация по храните и лекарствата) в САЩ и одобрена от EMEA (Европейска агенция по лекарствата), се прилага интрамускулно в делтоидната област (горната част на ръката), в 2 дози, втората от която се инокулира 4 седмици след първата. За добра активна имунизация, ваксинационният цикъл трябва да бъде завършен поне една седмица преди възможния контакт с вируса на японския енцефалит.
Ваксината за японски енцефалит се препоръчва за пътници, които дълго време остават на открито в ендемични области по време на сезона, в който е по-вероятно предаването на инфекция; въпреки това, не е показан за лица под 18-годишна възраст, бременни и кърмещи.
