Когато мухите му поразяват мъжа, той инокулира метакриловите триомастиготи, присъстващи в слюнчените жлези, чрез транскутанен път. Веднъж попаднали в приемника, паразитите влизат в лимфната система и кръвта, където се трансформират в циркулиращи тристомастиготи и започват непрекъсната репродуктивна дейност чрез бинарно разделяне (хемолимфатичен етап).
Паразитията е периодична: моменти, когато тя се редува с други, при които тя рязко намалява за производството на специфични антитела от заразения организъм. Една група паразити обаче, чрез модифициране на повърхностните гликопротеини, е в състояние да избегне антитяловия отговор. Цикълът на размножаване и лизиране се повтаря.
По-късно в хода на инфекцията, трипанозомите нахлуват в лимфните възли, далака, черния дроб и много други органи. Смъртта може да настъпи няколко дни след включването на централната нервна система ( менинго-енцефалитна фаза ).
Цикълът се поддържа, когато мухата на цеце поглъща кръвта на заразен човек или животно. Във вектора, протозоната се умножава в червата, преди да мигрира в слюнчената жлеза на насекомото. Мухата на цецето може да предаде инфекцията на друг бозайник или на мъж с ново ужилване, ако е бил поне 20 до 30 дни, откакто е бил заразен.
