Диагнозата жълта треска не е проста, тъй като клиничната картина може да се прояви със симптоматика, която трудно се различава от тази на други вирусни хеморагични трески, малария, коремен тиф, лептоспироза, денга и хепатит.
Жълтата треска, следователно, трябва да се подозира при пациенти в ендемична област, които развиват внезапна треска с брадикардия и жълтеница. Лабораторните тестове, извършени незабавно в квалифицирана болница, ще позволят да се потвърди или изключи диагнозата.
Проучванията, полезни за тази цел, включват кръвна картина, анализ на урината, тестове за чернодробна функция, клетъчни култури и ретро-транскрипция с полимеразна верижна реакция (RT-PCR). Диагностичното потвърждение се осигурява от наличието на специфични антитела, открити чрез серологични тестове, като например ELISA (ензимно-свързан имуносорбентен анализ).